Staff Scientist or Research Consultant in Bioinformatics and Genomic Reference Catalogue Development at Globe Institute

Globe Institute søger en yderst motiveret informatikker til at blive en del af Globe Institute's team og spille en central rolle i udviklingen af store genomiske referencekataloger til miljø- og oldtids-DNA-forskning. Stillingen er ledig fra den 1. november 2026 eller snarest derefter.

Center for Oldtidsmiljøgenomik (CAEG) og AEGIS er et tværfagligt forskningscenter specialiseret i sekventering og analyse af oldtidsmiljø-DNA (aeDNA). Globe Institute's internationale forskerteam indsamler prøver fra is, jord og søsedimenter og bruger avancerede sekventeringsteknologier til at udvinde og analysere oldtids-DNA fra disse materialer.

Ved at rekonstruere gamle miljøer giver Globe Institute's forskning vigtig indsigt i økologiske og evolutionære processer, herunder effekterne af klimaforandringer og menneskelig aktivitet. Teamet samler forskere med baggrunde inden for geologi, genetik, økologi, evolutionær biologi, datalogi, statistik og relaterede områder. Globe Institute lægger stor vægt på at give fremragende onboarding og integrere nyt personale i både Centeret og Instituttet.

Du vil spille en central rolle i udviklingen af store genomiske referencekataloger, der indfanger livets genomiske diversitet på Jorden. Stillingens primære mål er at identificere, indhente, kuratere og løbende udvide samlinger af genomer og andre relevante FASTA-ressourcer fra offentlige databaser, videnskabelige initiativer og andre frit tilgængelige kilder verden over.

Du vil etablere automatiserede og reproducerbare arbejdsgange for at opdage ny tilgængelige genomiske ressourcer, hente og organisere sekvensdata samt integrere dem i versionerede katalogudgivelser. Arbejdet vil involvere håndtering af meget store og heterogene samlinger af sekvensdata i højtydende computeromgivelser.

En stor del af stillingen vil være den videnskabelige kuratering og kvalitetsvurdering af de indsamlede ressourcer. Dette inkluderer vurdering af genom- og samlingskvalitet, identifikation af kontamination, detektering af redundans, evaluering af taksonomiske tildelinger og valg af egnede referencesekvenser. Du vil udvikle og anvende procedurer, der sikrer, at de resulterende kataloger er omfattende, sporbare, reproducerbare og videnskabeligt robuste.

Eksisterende software adresserer muligvis ikke alle udfordringer, der opstår i dette arbejde, og du vil derfor kuratere, tilpasse og udvikle små bioinformatiske programmer og beregningsmetoder til opgaver som kontaminationsdetektion, sekvenskvalitetsvurdering, taksonomisk validering, referencevalg og skalerbar behandling af store genomsamlinger.

Selvom udvikling og kuratering af genomiske referencekataloger vil være din primære opgave, vil du også være et integreret medlem af informatikgruppen. Du vil bidrage til gruppens bredere aktiviteter ved at støtte igangværende forskningsprojekter, samarbejde om beregningsanalyser, udvikle bioinformatisk software og arbejdsgange samt hjælpe med at vedligeholde og videreudvikle den beregningsmæssige infrastruktur, der bruges på tværs af Centeret.

Du vil arbejde tæt sammen med bioinformatikere, evolutionære biologer, økologer og andre forskere for at skabe referenceressourcer, der muliggør næstegenerationsanalyser af oldtidsmiljø-DNA, metagenomik og biodiversitet.

• Systematisk at identificere og erhverve genomer og andre relevante FASTA-ressourcer fra offentlige databaser og videnskabelige initiativer.
• At opbygge, kuratere, dokumentere, versionere og løbende udvide store genomiske referencekataloger.
• At udvikle automatiserede og reproducerbare arbejdsgange for ressourceopdagelse, download, behandling, kvalitetskontrol og katalogkonstruktion.
• At vurdere sekvens- og samlekvalitet og identificere kontamination, redundans, taksonomiske uoverensstemmelser og andre potentielle problemer.
• At kuratere, tilpasse og udvikle små bioinformatiske programmer, hvor eksisterende værktøjer er utilstrækkelige.
• At behandle meget store sekvenssamlinger ved hjælp af højtydende computersystemer.
• At samarbejde med forskere for at sikre, at katalogerne opfylder de videnskabelige behov inden for miljø-DNA, oldtids-DNA, metagenomik og biodiversitetsforskning.
• At bidrage til softwareudvikling, beregningsanalyser, arbejdsgange og andre aktiviteter inden for informatikgruppen.

Globe Institute søger en selvstændig, motiveret og fremsynet akademiker med en stærk videnskabelig og beregningsmæssig baggrund. Den succesrige kandidat vil være i stand til at tage ansvar for en teknisk ambitiøs langvarig opgave, arbejde systematisk med meget store datasamlinger og bidrage effektivt til kollaborative forskningsprojekter.

• Mastergrad eller ph.d. i bioinformatik, datalogi, beregningsbiologi, genomik, datavidenskab eller et relateret felt.
• Stærke programmeringsfærdigheder i Python og Unix shell-scripting.
• Erfaring med genomiske sekvensdata og FASTA-baserede ressourcer.
• Erfaring med udvikling af automatiserede og reproducerbare beregningsmæssige arbejdsgange.
• Erfaring med versionsstyringssystemer som Git.
• Kendskab til HPC-miljøer og køstyringssystemer som Slurm.
• Evne til at arbejde selvstændigt og effektivt i tværfaglige teams.
• Stærke skriftlige og mundtlige engelskkundskaber.

• Erfaring med offentlige genomiske databaser og store sekvensressourcer.
• Erfaring med vurdering af genomsamling, kontaminationsdetektion eller sekvenskvalitetskontrol.
• Kendskab til taksonomi, taksonomisk klassifikation eller kuratering af taksonomiske referenceressourcer.
• Erfaring med metagenomiske, miljø-DNA- eller oldtids-DNA-data.
• Erfaring med udvikling af arbejdsgange ved hjælp af værktøjer som Snakemake eller Nextflow.
• Kendskab til lavniveau programmeringssprog som C, C++ eller Rust.
• Erfaring med behandling og organisering af meget store biologiske datasæt.
• Erfaring med udvikling og vedligeholdelse af videnskabelig software.

• Analytisk og systematisk tankegang.
• Nysgerrighed og en stærk evne til at fejlfinde komplekse tekniske og videnskabelige problemer.
• Fremragende opmærksomhed på detaljer og stærke organisatoriske færdigheder.
• Evne til at tage langvarigt ejerskab over en stor beregningsressource.
• Stærk samarbejdspartner, der trives i et tværfagligt miljø.
• Evne til at tilpasse sig nye udfordringer, datakilder og teknologier.

Stillingen er placeret ved Center for Oldtidsmiljøgenomik (CAEG), Sektion for Geogenetik, Globe Institute, Københavns Universitet, fysisk beliggende på Geologisk Museum. Globe Institute tilbyder støttende, kreative og stimulerende arbejdsforhold inden for et dynamisk og internationalt forskningsmiljø.

Globe Institute er forpligtet til at skabe et inkluderende og mangfoldigt miljø, hvor medarbejdere og studerende kan trives. Alle kvalificerede ansøgere opfordres til at søge.

Den gennemsnitlige ugentlige arbejdstid er 37 timer.

Stillingen er en tidsbegrænset stilling i en periode på 4 år.

Stillingen vil enten være som AC-medarbejder eller specialkonsulent, afhængigt af den succesrige kandidats baggrund, kvalifikationer og erfaring. Løn- og ansættelsesvilkår vil være i overensstemmelse med overenskomsten mellem Finansministeriet og Akademikerne. Månedslønnen vil være baseret på anciennitet. Der vil være mulighed for at forhandle tillæg baseret på kvalifikationer. Du kan læse mere om lønniveauer i staten på www.loenoverblik.dk.

For yderligere information om stillingen bedes du kontakte Thorfinn Sand Korneliussen på tskorneliussen@sund.ku.dk.

Din ansøgning skal være på engelsk og indeholde:

• Ansøgningsbrev, der adresserer kravene, maksimalt én side.
• Curriculum vitae.
• Attesteret eller underskrevet kopi af uddannelsesbeviser.

Indsend venligst din ansøgning ved at klikke "Ansøg nu" nedenfor. Kun online ansøgninger vil blive accepteret.

Globe Institute forbeholder sig retten til ikke at behandle materiale modtaget efter fristen og til ikke at behandle ansøgninger, der ikke opfylder ovenstående krav.

Københavns Universitet stræber efter at afspejle samfundets mangfoldighed og opfordrer alle kvalificerede kandidater til at søge uanset personlig baggrund.