Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet
Københavns Universitet
Globe Institute søger en yderst motiveret informatikker til at blive en del af Globe Institutes team og spille en central rolle i udviklingen af store genomiske referencekataloger til miljø- og oldtids-DNA-forskning. Stillingen er ledig fra den 1. november 2026 eller snarest derefter.
Arbejdssted
Centret for Gamle Miljøgenomer (CAEG) og AEGIS er et tværfagligt forskningscenter, der specialiserer sig i sekventering og analyse af gammel miljø-DNA (aeDNA). Centrets internationale forskerteam indsamler prøver fra is, jord og søsedimenter og bruger avancerede sekventeringsteknologier til at udtrække og analysere gammel DNA fra disse materialer.
Ved at rekonstruere gamle miljøer giver forskningen vigtig indsigt i økologiske og evolutionære processer, herunder effekterne af klimaforandringer og menneskelig aktivitet. Teamet samler forskere med baggrunde inden for geologi, genetik, økologi, evolutionær biologi, datalogi, statistik og beslægtede felter. Globe Institute lægger stor vægt på at tilbyde fremragende onboarding og integration af nye medarbejdere i både Centret og Instituttet.
Dit job
Du vil spille en central rolle i udviklingen af store genomiske referencekataloger, der fanger livets genomiske diversitet på Jorden. Stillingens primære mål er at identificere, indhente, kuratere og kontinuerligt udvide samlinger af genomer og andre relevante FASTA-ressourcer fra offentlige databaser, videnskabelige initiativer og andre åbent tilgængelige kilder verden over.
Du vil etablere automatiserede og reproducerbare arbejdsgange for opdagelse af nyudgivne genomiske ressourcer, hentning og organisering af sekvensdata og integration af dem i versionerede katalogudgivelser. Arbejdet vil involvere håndtering af meget store og heterogene samlinger af sekvensdata i højtydende computeromgivelser.
En stor del af stillingen vil være den videnskabelige kuratering og kvalitetsvurdering af de indsamlede ressourcer. Dette inkluderer vurdering af genom- og samlingskvalitet, identifikation af kontaminering, detektion af redundans, evaluering af taksonomiske tildelinger og valg af egnede referencesekvenser. Du vil udvikle og anvende procedurer, der sikrer, at de resulterende kataloger er omfattende, sporbare, reproducerbare og videnskabeligt robuste.
Eksisterende software adresserer muligvis ikke enhver udfordring, der opstår i dette arbejde, og du vil derfor kuratere, tilpasse og udvikle små bioinformatiske programmer og beregningsmetoder til opgaver som kontaminationsdetektion, sekvenskvalitetsvurdering, taksonomisk validering, referencevalg og skalerbar behandling af store genomsamlinger.
Selvom udviklingen og kurateringen af genomiske referencekataloger vil være dit primære ansvar, vil du også være et integreret medlem af informatikgruppen. Du vil bidrage til gruppens bredere aktiviteter ved at støtte igangværende forskningsprojekter, samarbejde om beregningsanalyser, udvikle bioinformatisk software og arbejdsgange samt hjælpe med at vedligeholde og videreudvikle den beregningsmæssige infrastruktur, der anvendes på tværs af Centret.
Du vil arbejde tæt sammen med bioinformatikere, evolutionære biologer, økologer og andre forskere for at skabe referenceressourcer, der muliggør næstegenerationsanalyser af gammelt miljø-DNA, metagenomics og biodiversitet.
Nøgleansvarsområder
- Systematisk identificere og indhente genomer og andre relevante FASTA-ressourcer fra offentlige databaser og videnskabelige initiativer.
- Opbygge, kuratere, dokumentere, versionere og kontinuerligt udvide store genomiske referencekataloger.
- Udvikle automatiserede og reproducerbare arbejdsgange for ressourceopdagelse, download, behandling, kvalitetskontrol og katalogkonstruktion.
- Vurdere sekvens- og samlingskvalitet og identificere kontaminering, redundans, taksonomiske uoverensstemmelser og andre potentielle problemer.
- Kuratere, tilpasse og udvikle små bioinformatiske programmer, hvor eksisterende værktøjer er utilstrækkelige.
- Behandle meget store sekvenssamlinger ved hjælp af højtydende computersystemer.
- Samarbejde med forskere for at sikre, at katalogerne opfylder de videnskabelige behov inden for miljø-DNA, oldtids-DNA, metagenomisk og biodiversitetsforskning.
- Bidrage til softwareudvikling, beregningsanalyser, arbejdsgange og andre aktiviteter inden for informatikgruppen.
Profil
Globe Institute søger en selvstændig, motiveret og fremadskuende akademiker med en stærk videnskabelig og beregningsmæssig baggrund. Den succesfulde kandidat vil være i stand til at tage ansvar for en teknisk ambitiøs langsigtet opgave, arbejde systematisk med meget store datasamlinger og effektivt bidrage til samarbejdsbaserede forskningsprojekter.
Væsentlig erfaring og færdigheder
- Mastergrad eller ph.d. i bioinformatik, datalogi, beregningsbiologi, genomik, datavidenskab eller et beslægtet felt.
- Stærke programmeringsevner i Python og Unix shell-scripting.
- Erfaring med genomisk sekvensdata og FASTA-baserede ressourcer.
- Erfaring med at udvikle automatiserede og reproducerbare beregningsmæssige arbejdsgange.
- Erfaring med versionsstyringssystemer som Git.
- Kendskab til HPC-miljøer og køstyringssystemer som Slurm.
- Evne til at arbejde selvstændigt og effektivt i tværfaglige teams.
- Stærk skriftlig og mundtlig engelsk.
Ønskede færdigheder
- Erfaring med offentlige genomiske databaser og store sekvensressourcer.
- Erfaring med genom-samlingsvurdering, kontaminationsdetektion eller sekvenskvalitetskontrol.
- Kendskab til taksonomi, taksonomisk klassifikation eller kuratering af taksonomiske referenceressourcer.
- Erfaring med metagenomisk, miljø-DNA eller oldtids-DNA-data.
- Erfaring med at udvikle arbejdsgange ved hjælp af værktøjer som Snakemake eller Nextflow.
- Kendskab til lavniveau programmeringssprog som C, C++ eller Rust.
- Erfaring med behandling og organisering af meget store biologiske datasæt.
- Erfaring med udvikling og vedligeholdelse af videnskabelig software.
Personlige egenskaber
- Analytisk og systematisk tankegang.
- Nysgerrighed og en stærk evne til at fejlfinde komplekse tekniske og videnskabelige problemer.
- Fremragende sans for detaljer og stærke organisatoriske evner.
- Evne til at tage langsigtet ejerskab over en stor beregningsmæssig ressource.
- Stærk samarbejdspartner, der trives i et tværfagligt miljø.
- Evne til at tilpasse sig nye udfordringer, datakilder og teknologier.
Ansættelsessted
Stillingen er placeret ved Centret for Gamle Miljøgenomer (CAEG), Sektion for GeoGenetik, Globe Institute, Københavns Universitet, fysisk placeret på Geologisk Museum. Globe Institute tilbyder støttende, kreative og stimulerende arbejdsforhold inden for et dynamisk og internationalt forskningsmiljø.
Globe Institute er forpligtet til at skabe et inkluderende og mangfoldigt miljø, hvor medarbejdere og studerende kan trives. Alle kvalificerede ansøgere opfordres til at søge.
Ansættelsesvilkår
Den gennemsnitlige ugentlige arbejdstid er 37 timer.
Stillingen er en tidsbegrænset ansættelse på 4 år.
Stillingen vil enten være som akademisk medarbejder eller specialkonsulent, afhængigt af den succesfulde kandidats baggrund, kvalifikationer og erfaring. Løn- og ansættelsesvilkår vil være i overensstemmelse med den kollektive overenskomst mellem Finansministeriet og Akademikerne. Månedslønnen vil være baseret på anciennitet. Der vil være mulighed for at forhandle tillæg baseret på kvalifikationer. Du kan læse mere om lønniveauer i staten på www.loenoverblik.dk (på dansk).
Spørgsmål
For yderligere information vedrørende stillingen bedes du kontakte Thorfinn Sand Korneliussen på tskorneliussen@sund.ku.dk.
Ansøgning
Din ansøgning skal være på engelsk og inkludere:
- Ansøgningsbrev, der adresserer kravene, maksimalt én side.
- Curriculum vitae.
- Certificeret eller underskrevet kopi af uddannelsesbeviser.
Indsend venligst din ansøgning ved at klikke på "Ansøg nu" nedenfor. Kun online ansøgninger accepteres.
Ansøgningsfrist: 8. september 2026, kl. 23:59 CET
Globe Institute forbeholder sig retten til ikke at behandle materiale modtaget efter fristen og til ikke at behandle ansøgninger, der ikke opfylder ovenstående krav.
Københavns Universitet stræber efter at afspejle samfundets mangfoldighed og opfordrer alle kvalificerede kandidater til at søge uanset personlig baggrund.
