Proteomics Application Specialist (Special Consultant)

Proteomics Research Infrastructure (PRI) er en avanceret kernefacilitet, der specialiserer sig i massespektrometri (MS)-baseret proteomics. PRI yder forskere komplet support, herunder projektkonsultation, automatiseret prøveforberedelse, massespektrometribaseret erhvervelse og avanceret dataanalyse.

Etableret inden for Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research (CPR) og nu en del af Center for Core Facilities (CCF), opererer PRI i et internationalt, samarbejdsorienteret og innovationsdrevet miljø. Engelsk er det primære arbejdssprog.

Københavns Universitet - CBMR søger en erfaren Proteomics applikationsspecialist (Specialkonsulent) til at støtte og videreudvikle PRI's avancerede proteomicsapplikationer, med et særligt fokus på post-translationel modifikation (PTM) proteomics.

Proteomics applikationsspecialisten vil være et integreret medlem af PRI-teamet og vil spille en nøglerolle i driften, udviklingen og den løbende forbedring af PRI's avancerede proteomicsapplikationer og service-pipelines.

Stillingen omfatter planlægning, udførelse, analyse og dokumentation af en bred vifte af proteomicseksperimenter, herunder global proteomprofilering, interaktionsproteomics, PTM-proteomics og andre specialiserede applikationer. Et særligt fokus vil være på udvikling, optimering og implementering af arbejdsgange for berigelse og kvantitativ analyse af protein-post-translationelle modifikationer, herunder fosforylering og andre PTM'er.

Ud over disse specialiserede aktiviteter vil den succesfulde kandidat bidrage til PRI's rutinemæssige serviceopgaver, herunder prøveforberedelse, LC–MS-analyse, databehandling og kvalitetskontrol. Stillingen omfatter også udvikling og implementering af robuste, reproducerbare og skalerbare laboratoriearbejdsgange.

Den succesfulde kandidat vil arbejde tæt sammen med PRI-teamet, især Proteomics Service Manageren, og vil referere direkte til PRI-direktøren.

• Planlægge, udføre, analysere og dokumentere eksperimenter på tværs af PRI's proteomics service-pipelines, herunder global proteomics, interaktionsproteomics, PTM-proteomics og andre specialiserede applikationer.
• Støtte og videreudvikle PTM-proteomicsarbejdsgange, herunder prøveforberedelse, berigelse, LC–MS-erhvervelse og kvantitativ dataanalyse.
• Udvikle, optimere og validere metoder til berigelse og analyse af post-translationelt modificerede peptider og proteiner, især fosfoproteomics og andre modifikationsspecifikke applikationer.
• Udføre prøveforberedelse til en bred vifte af proteomicsapplikationer, herunder high-throughput og stor-skala prøvebehandling.
• Drifte, vedligeholde, fejlfinde og optimere state-of-the-art LC–MS-instrumentering og relaterede proteomicsteknologier.
• Udvikle og optimere LC–MS-erhvervelsesmetoder, herunder dataafhængig erhvervelse (DDA), datauafhængig erhvervelse (DIA) og multiplekse kvantitative tilgange.
• Udføre proteomicsdataanalyse ved hjælp af specialiseret software, herunder proteinidentifikation, kvantificering, PTM-sitelokalisering og fortolkning af eksperimentelle resultater.
• Drifte, vedligeholde og optimere automatiserede prøveforberedelses- og væskehåndteringsplatforme.
• Vedligeholde omfattende og nøjagtig eksperimentel dokumentation ved hjælp af elektroniske laboratorienoterbøger samt projekt- og prøvestyringssystemer.
• Bidrage til udvikling, validering, standardisering og løbende forbedring af laboratoriearbejdsgange.
• Støtte implementeringen af skalerbare og reproducerbare processer for at sikre høj kvalitet og effektivitet på tværs af PRI's serviceaktiviteter.
• Samarbejde med forskere, projektpartnere og PRI-kolleger i et internationalt og tværfagligt miljø.
• Bidrage til udviklingen af nye applikationer og teknologier, der er relevante for PRI's forsknings- og serviceportefølje.
• Udføre andre relevante opgaver efter behov for at støtte PRI's aktiviteter og strategiske udvikling.

Københavns Universitet - CBMR søger en pålidelig, velorganiseret og højt motiveret forsker med en stærk baggrund inden for massespektrometri-baseret proteomics. Kandidaten skal kunne arbejde selvstændigt og samtidig effektivt bidrage til et samarbejdsorienteret og servicemindet teammiljø.

Stillingen kræver fleksibilitet, nøjagtighed, sans for detaljen og et stærkt engagement i laboratoriearbejde af høj kvalitet, metodologisk udvikling og servicelevering.

Den ideelle kandidat vil have:

• En ph.d. i molekylærbiologi, biokemi, proteomics, analytisk kemi eller et beslægtet felt.
• Omfattende praktisk erfaring med state-of-the-art LC–MS-baseret proteomics, herunder drift, vedligeholdelse, fejlfinding og metodeoptimering af højopløsnings massespektrometriinstrumentering.
• Dokumenteret ekspertise inden for PTM-proteomics, især fosfoproteomics, herunder praktisk erfaring med PTM-berigelsesstrategier, LC–MS-erhvervelse og kvantitativ dataanalyse.
• Omfattende praktisk erfaring med proteomics-prøveforberedelse og kvantitative proteomics-arbejdsgange, herunder global proteomprofilering og andre specialiserede proteomicsapplikationer.
• Dokumenteret erfaring med udvikling, optimering, validering og implementering af avancerede proteomicsmetodologier og eksperimentelle arbejdsgange.
• Stærk erfaring med dataafhængig erhvervelse (DDA) og datauafhængig erhvervelse (DIA) metoder, herunder udvikling og optimering af erhvervelsesstrategier.
• Avanceret erfaring med proteomicsdataanalyse ved hjælp af specialiseret software, herunder proteinidentifikation, kvantificering og PTM-sitelokalisering.
• Praktisk erfaring med automatiserede væskehåndteringsplatforme.
• Dokumenteret evne til selvstændigt at styre komplekse eksperimentelle projekter, fejlfinde tekniske udfordringer og sikre høj analytisk kvalitet og reproducerbarhed.
• Fremragende organisatoriske færdigheder, stærke IT-kompetencer og erfaring med elektroniske laboratorienoterbøger samt laboratorie- eller projektstyringssystemer.
• Fremragende mundtlige og skriftlige kommunikationsevner på engelsk, herunder evnen til effektivt at kommunikere kompleks teknisk og videnskabelig information.

Følgende kvalifikationer vil blive betragtet som en fordel:

• Erfaring med avancerede kvantitative PTM-proteomics-tilgange, herunder TMT-baseret multipleksing og specialiserede fragmenteringsteknikker som ETD eller EThcD.
• Praktisk erfaring med Thermo Fisher Orbitrap Tribrid og Orbitrap Astral platforme.
• Tidligere erfaring med arbejde i en proteomics kernefacilitet eller et andet servicemindet forskningsmiljø.

Ansættelsen er en tidsbegrænset stilling frem til den 30. juni 2030, med mulighed for forlængelse. Den estimerede startdato er den 1. januar 2027. Arbejdstiden er 37 timer om ugen. Arbejdsstedet er Proteomics Research Infrastructure, Københavns Universitet, Blegdamsvej 3B, 2200 København N, Danmark.

Ansættelsen sker som specialkonsulent (Staff Scientist) i henhold til Cirkulære om overenskomst for akademikere i staten indgået mellem Finansministeriet og Akademikerne. Der vil være mulighed for at forhandle tillæg baseret på kvalifikationer. Arbejdsgiveren vil betale yderligere 18,07% til kandidatens pensionskasse. Yderligere information om lønniveauer i staten findes på www.loenoverblik.dk.

Uformelle henvendelser vedrørende stillingen kan rettes til PRI-direktør, Michael Wierer; michael.wierer@pri.ku.dk. For mere information om PRI, besøg: www.pri.ku.dk

Ansøgningen skal indsendes på engelsk. Kun online ansøgninger vil blive accepteret og skal indeholde et motivationsbrev, curriculum vitae og kopi af relevante diplomer.

Ansøgningsfristen er den 6. november 2026 kl. 23:59 CET. Ansøgninger eller bilag modtaget efter fristen vil ikke blive behandlet.

Københavns Universitet opfordrer alle kvalificerede kandidater til at søge, uanset personlig baggrund.