Postdoc in mass spectrometry for quantitative proteomics at Center for Glycocalyx Research

Københavns Universitet - CBMR søger en yderst motiveret og dynamisk postdoc til en deltidsstilling på to år, med start den 1. januar 2027. Postdoc-kandidaten skal udvikle og anvende massespektrometri-baserede spatiale proteomik-workflows på FFPE-materiale til cancerdiagnose.

Københavns Universitet - CBMR's forskning

Olsen Gruppen

Københavns Universitet - CBMR tilbyder et levende, ambitiøst og internationalt forskningsmiljø samt adgang til banebrydende faciliteter inden for proteinvidenskab. Københavns Universitet - CBMR adresserer uløste spørgsmål inden for cellesignalering. Gruppen sigter mod at karakterisere, hvordan signalnetværk regulerer cellulære respons forskelligt, når de medieres af fosforylering og andre modifikationer.

Det primære videnskabelige fokusområde for Københavns Universitet - CBMR er kvantitativ, højopløselig massespektrometri-baseret proteomik med særlig vægt på massespektrometrisk teknologiudvikling for enkeltcelle-proteomik og dens biologiske applikationer.

Københavns Universitet - CBMR har en langvarig interesse i at anvende proteomik-teknologiudviklinger til system-dækkende analyser af dynamiske post-translationelle modifikationer, såsom stedspecifik fosforylering, der regulerer stort set alle cellulære signaltransduktionsveje. Offline peptidfraktionering og berigelsesmetoder kombineret med højopløsnings Orbitrap Astral tandem massespektrometri-akkvisitionsstrategier udvikles løbende af Københavns Universitet - CBMR med det formål at være mere robuste, reproducerbare og hurtige.

Københavns Universitet - CBMR er en del af nationale og internationale samarbejdsnetværk. Kandidaterne vil blive en del af Danmarks Grundforskningsfonds Center for Glycocalyx Research (CGR) og arbejde som en del af projektteamene på ERC-synergy-bevillingprojektet 'ADIPOHealth' eller NNF Laureate forskningsbevillingprojektet om enkeltcelleproteomik for at studere PTM'er i sundhed og sygdom.

Din rolle

Du vil blive en del af et tværfagligt forskningsteam, der arbejder med prøveforberedelse til proteomik, peptidseparation, MS-akkvisitionsmetoder og beregningsmæssige proteomikstrategier.

Du forventes at bidrage til og støtte de igangværende forskningsprojekter i gruppen på ad hoc-basis, når det er nødvendigt.

Dine opgaver vil omfatte følgende, afhængigt af din specifikke erfaring og dine færdigheder:

Du skal udvikle effektive og skalerbare workflows til analyse af plasma og ekstracellulære vesikler fra store kliniske kohorter, der integrerer optimeret prøveforberedelse med ultra-sensitiv narrow-window data-independent acquisition (nDIA)-MS på Orbitrap Astral Zoom massespektrometeret.

Parallelt hermed vil du lede udviklingen og anvendelsen af massespektrometri-baserede spatiale fosfoproteomik-workflows til analyse af formalin-fikseret paraffin-indstøbt (FFPE) biopsimateriale. Specifikt vil du etablere strømlinet mikro-FFPE prøveforberedelse og fosfopeptid-berigelsesworkflow til laser-capture microdissektion (LMD), hvilket muliggør skalerbar, høj-gennemløbsbehandling i et 384-brønds format. Workflowet vil integrere hel-slide billeddannelse, LMD og ultra-sensitiv nDIA-MS på Orbitrap Astral Zoom-platformen for at generere kvantitative spatiale fosfoproteomikdata til translationel cancerforskning.

Din profil

Københavns Universitet - CBMR søger en yderst motiveret og entusiastisk videnskabsmand med følgende kompetencer og erfaring:

Væsentlige erfaringer og færdigheder:

• Du har en ph.d. i biovidenskab eller lignende.
• Tidligere første- eller medforfatter publikationer inden for enten spatial proteomik, fosfoproteomik, og plasma- og EV-proteomik.
• Erfaring med at behandle og analysere store proteomik-kohorter, herunder eksperimentelt design, kvalitetskontrol, batchkorrektion og statistisk analyse.
• Du er yderst erfaren inden for massespektrometri-baseret proteomik med specifik ekspertise i spatial-proteomik af FFPE-prøver.
• Tidligere erfaring med bioinformatisk analyse af store proteomikdata.
• Tidligere erfaring med bioinformatisk analyse af spatial-proteomikdata.
• Dokumenteret ekspertise i data-independent acquisition (DIA) workflows, herunder optimering af akkvisitionsstrategier for høj-sensitivitets proteomik.
• Fremragende kommunikationsevner og evne til at arbejde i teams.
• Fremragende engelskkundskaber, skriftligt og mundtligt.

Ønskelige erfaringer og færdigheder:

• Samarbejdsvillig indstilling.
• Dokumenteret erfaring med bioinformatisk analyse, visualisering og præsentation af proteomikdata.
• Dokumenteret erfaring og aktiv interesse i vejledning af studerende inden for MS-baseret proteomik.
• Erfaring med Orbitrap Astral Zoom MS, Vanquish NEO LC og Evosep ENO LC.

Ansættelsessted

Ansættelsesstedet er ved Institut for Cellulær og Molekylær Medicin, Panum, Københavns Universitet. Københavns Universitet - CBMR tilbyder kreative og stimulerende arbejdsforhold i et dynamisk og internationalt forskningsmiljø.

Du vil blive en del af Københavns Center for Glycocalyx Research (CGR). CGR har til formål at afdække den vitale rolle af glykokalyx, et celleoverfladelag af komplekse glykaner, der integrerer signaler fra celler og deres miljø, og CGR's forskningsfaciliteter omfatter moderne laboratorier beliggende i Mærsk Tårnet med adgang til topmoderne faciliteter for celleingeniørvidenskab, next-generation sequencing, flowcytometri og massespektrometri.

Videnskabeligt miljø

CGR er placeret inden for Institut for Cellulær og Molekylær Medicin (ICMM), som tilbyder et ambitiøst videnskabeligt miljø med mange forskellige nationaliteter repræsenteret. ICMM sigter mod at producere forskning med høj international indvirkning med fokus på den funktionelle celle, dens genetiske komponenter og molekylære cellulære mekanismer i en medicinsk kontekst. ICMM omfatter i øjeblikket seks forskningsprogrammer, tre højprofilerede forskningscentre samt en række internationale forskergrupper. Videnskabsfolkene ved ICMM er involveret i forskningsbaserede undervisningsprogrammer af høj kvalitet på bachelor- og kandidatniveau ved Københavns Universitet. Du kan læse mere på https://icmm.ku.dk/english/

Ansættelsesvilkår

Den gennemsnitlige ugentlige arbejdstid er 23 timer per uge. Stillingen er en tidsbegrænset stilling for en periode på to år. Startdatoen er den 1. januar 2027, eller efter aftale.

Løn, pension og øvrige ansættelsesvilkår fastsættes i henhold til overenskomst mellem Skatteministeriet og AC (Dansk Magisterforening) eller anden relevant organisation. I øjeblikket starter månedslønnen på 26.170 DKK/ca. 3.500 EUR (august 2026-niveau). Afhængigt af kvalifikationer kan et tillæg forhandles. Arbejdsgiveren vil indbetale yderligere 18,07 % til din pensionskasse.

Udenlandske og danske ansøgere kan være berettiget til skattelettelser, hvis de har en ph.d.-grad og ikke har boet i Danmark de sidste 10 år. Stillingen er omfattet af stillingsstrukturen for videnskabeligt personale ved universiteter 2025.

Spørgsmål

For yderligere information bedes du kontakte Professor Jesper Velgaard Olsen, jesper.olsen@cpr.ku.dk; www.sund.ku.dk. Udenlandske ansøgere kan finde dette link nyttigt: www.ism.ku.dk (International Staff Mobility).

Ansøgningsprocedure

Din online ansøgning skal indsendes på engelsk ved at klikke på 'Ansøg nu' nedenfor. Ydermere skal din ansøgning indeholde følgende dokumenter/vedhæftninger – alle i PDF-format:

1. Motiveret ansøgning (maks. én side).
2. CV inkl. uddannelse, arbejds-/forskningserfaring, sprogfærdigheder og andre færdigheder relevante for stillingen.
3. En certificeret/underskrevet kopi af a) ph.d.-bevis og b) kandidatbevis. Hvis ph.d.'en ikke er afsluttet, vil en skriftlig erklæring fra vejleder være tilstrækkelig.
4. Liste over publikationer.

Ansøgningsfrist: 15/10 2026, kl. 23.59 CET

Københavns Universitet - CBMR forbeholder sig retten til ikke at behandle materiale modtaget efter fristen, og til ikke at behandle ansøgninger, der ikke lever op til de ovennævnte krav.

Den videre proces

Efter ansøgningsfristens udløb udvælger den autoriserede rekrutteringsansvarlige ansøgere til vurdering efter råd fra ansættelsesudvalget. Alle ansøgere får herefter straks besked om, hvorvidt deres ansøgning er videregivet til vurdering af en uvildig bedømmer. Når vurderingsarbejdet er afsluttet, har hver ansøger mulighed for at kommentere den del af vurderingen, der vedrører ansøgeren selv.

Du kan læse om rekrutteringsprocessen på http://employment.ku.dk/faculty/recruitment-process/. Ansøgeren vil blive bedømt i henhold til bekendtgørelse nr. 242 af 13. marts 2012 om ansættelse af videnskabeligt personale ved universiteter.

Københavns Universitet ønsker at afspejle samfundets mangfoldighed og opfordrer alle kvalificerede kandidater til at søge uanset personlig baggrund.