Postdoc in Computational Palaeoproteomics

Globe Institute søger en højt motiveret og dynamisk postdoc til en tidsbegrænset fuldtidsstilling på 2,5 år (30 måneder), der begynder den 1. november 2026 eller snarest derefter.

Palaeoproteomics forskningsgruppen, ledet af professor Enrico Cappellini, søger en yderst kompetent, motiveret og dynamisk postdoc med dokumenteret erfaring inden for computational palaeoproteomics, massespektrometri-dataanalyse og videnskabelig softwareudvikling. Stillingen vil bidrage til udviklingen af en high-throughput computational infrastruktur til palaeoproteomics og målrettet identifikation af biologisk køn. Den vil understøtte reproducerbar behandling, kvalitetskontrol og fortolkning af massespektrometri-data og forbinde kundevendt prøveadministration med sporbar analysearbejdsgange og forskningsresultater.

Yderligere information om instituttet kan findes på https://globe.ku.dk.

Den molekylære identifikation af fossile taxa og rekonstruktionen af de fylogenetiske relationer, der forbinder dem, forbliver centrale udfordringer inden for evolutionsforskning. Palaeoproteomics-gruppen udvikler og anvender massespektrometri-baserede metoder til at genfinde ældgamle proteinsekvenser ud over grænserne for ældgamle DNA-bevarelse. Arbejdet vil kombinere forskningssoftware-udvikling med computational analyse af DDA- og PRM-data fra ældgamle og stærkt nedbrudte proteinprøver. Et tæt samarbejde med laboratorieforskere, arkæologer og eksterne partnere er centralt for stillingen. Kandidaten vil arbejde med at udvikle skalerbare palaeoproteomiske metoder og high-throughput målrettet proteomik. Den succesfulde kandidat vil blive en del af et tværfagligt miljø, der spænder over palæoantropologi, evolutionsbiologi, arkæologi og massespektrometri. Miljøet giver adgang til Københavns Universitets Mjolnir high-performance computing-klynger, avanceret proteomik-ekspertise og aktive nationale og internationale samarbejder.

Postdocen vil udvikle, vedligeholde og implementere videnskabelig software og automatiserede arbejdsgange for palaeoproteomics. Ansvarsområderne inkluderer integration af ordre- og prøvemetadata med analysestatus og resultater; automatisering af reproducerbar R-, Python- og Java-baseret behandling på lokal og HPC-infrastruktur; analyse af DDA-data ved hjælp af databasesøgning og de novo-tilgange; analyse af målrettede PRM-data; forbedring og validering af klassifikationsmetoder; dokumentation af software og arbejdsgange; bidrag til manuskripter og tilskuds- eller translationelle aktiviteter; samt deltagelse i undervisning og vejledning.

Globe Institute søger en samarbejdsorienteret og uafhængig forsker, der kombinerer stærk computational proteomik-ekspertise med praktiske software-engineering færdigheder. Kandidaten skal kunne omsætte forskningskrav til pålidelige arbejdsgange og kommunikere resultater på tværs af faglige grænser.

Væsentlig erfaring og færdigheder:

• En ph.d. i palaeoproteomics, proteomics, bioinformatik, computational biologi, arkæologisk videnskab eller et nært beslægtet felt.
• Erfaring med computational analyse og fortolkning af LC-MS/MS proteomik-data.
• Erfaring med både data-dependent acquisition og målrettet PRM-analyse, ved brug af MaxQuant, Skyline eller sammenlignelige værktøjer.
• Færdigheder i R eller Python og Bash, herunder automatisering af arbejdsgange i Linux- eller HPC-miljøer.
• Erfaring med at udvikle database-understøttet videnskabelig software eller webapplikationer ved hjælp af Java/Spring, Vaadin og PostgreSQL, eller tilsvarende teknologier.
• Erfaring med relationel databasedesign, prøve- og arbejdsgangsporbarhed samt struktureret resultatstyring.
• Erfaring med reproducerbare softwarepraksisser, herunder versionskontrol, test, containerisering og kontinuerlig integration/udrulning.
• Evne til at dokumentere og kommunikere computational metoder klart i publikationer, teknisk dokumentation og præsentationer.
• Evne til at arbejde effektivt med laboratorieforskere, arkæologer, bioinformatikere og eksterne samarbejdspartnere.
• Stærke organisatoriske færdigheder og evnen til at levere uafhængigt arbejde inden for aftalte deadlines.
• Fremragende mundtlige og skriftlige engelskkundskaber.

Ønskelig erfaring og færdigheder:

• Erfaring med high-throughput målrettet proteomik til biologisk kønidentifikation fra tandemalje.
• Erfaring med at udvikle R Shiny-applikationer og konvertere interaktive analyser til uovervågede Rscript-arbejdsgange.
• Erfaring med de novo peptidsekvenseringsværktøjer, såsom InstaNovo, og sammenligning med databasesøgeresultater.
• Erfaring med validering af klassifikationer ved hjælp af uafhængige beviser, såsom aDNA-resultater og manuel spektruminspektion.
• Erfaring med at implementere sikre, rollebaserede produktionssystemer for interne eller eksterne brugere.
• Erfaring med undervisning eller vejledning inden for palaeoproteomics, proteomik-dataanalyse eller forskningssoftware.
• Erfaring med at bidrage til succesfulde fondsansøgninger, translationel forskning eller kommercialiseringsaktiviteter.

Ansættelsesstedet er Globe Institute, Københavns Universitet, Øster Voldgade 5-7, 1350 København. Globe Institute tilbyder kreative og stimulerende arbejdsforhold i et dynamisk og internationalt forskningsmiljø. Stillingen giver adgang til computational infrastruktur, herunder Mjolnir HPC-klyngen, en dedikeret Windows-server, og tæt interaktion med instituttets palaeoproteomics-laboratorier og massespektrometri-forskningsmiljø.

Globe Institute er en del af Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet ved Københavns Universitet. Instituttets hovedformål er at besvare grundlæggende videnskabelige spørgsmål gennem tværfaglige tilgange. Instituttet opererer i skæringspunktet mellem natur- og sundhedsvidenskab samt humaniora. Information om instituttet kan findes på: www.globe.ku.dk.

Globe Institute er forpligtet til at skabe et inkluderende og mangfoldigt miljø, hvor medarbejdere og studerende kan føle sig hjemme og trives. Se hjemmesiden for mere information. Alle kvalificerede ansøgere vil blive fuldt ud taget i betragtning. Kandidater, der gennem deres forskning, undervisning og/eller service bidrager til mangfoldigheden og kompetencerne hos Globe Institute, opfordres til at søge. Københavns Universitet stræber efter at tilbyde et familievenligt og fleksibelt arbejdsmiljø med en bæredygtig balance mellem arbejds- og privatliv, herunder barselsordninger (op til 47 uger for begge forældre) og op til seks ugers betalt ferie om året. Forskere, der ikke har været skattepligtige i Danmark de sidste 10 år, kan ansøge om en særlig (reduceret) skatteordning. Universitetet tilbyder en række ydelser til internationale forskere og medfølgende familier.

Stillingen er omfattet af aftale om stillingsstruktur for videnskabeligt personale. Ansættelse og aflønning sker i henhold til overenskomst mellem Finansministeriet og Akademikerne i staten. Der vil være mulighed for at forhandle tillæg baseret på kvalifikationer. Du kan læse mere om lønniveauer i staten på www.loenoverblik.dk.

For yderligere information, kontakt venligst Enrico Cappellini på ecappellini@sund.ku.dk.

Udenlandske ansøgere kan finde dette link nyttigt: www.ism.ku.dk (International Staff Mobility).

Din online ansøgning skal indsendes på engelsk ved at klikke på 'Ansøg nu' nedenfor. Din ansøgning skal desuden indeholde følgende dokumenter/vedhæftninger – alt i PDF-format:

1. Motiveret ansøgning (maks. én side).
2. CV inkl. uddannelse, arbejds-/forskningserfaring, sprogkundskaber og andre relevante færdigheder for stillingen.
3. En bekræftet/underskrevet kopi af a) ph.d.-bevis og b) kandidatbevis. Hvis ph.d.'en ikke er afsluttet, er en skriftlig erklæring fra vejleder tilstrækkelig.
4. Publikationsliste.

Ansøgningsfrist: 13. september, kl. 23.59 CET.

Globe Institute forbeholder sig retten til ikke at behandle materiale modtaget efter fristen, og til ikke at behandle ansøgninger, der ikke lever op til de ovennævnte krav.

Efter udløbet af ansøgningsfristen udvælger den autoriserede rekrutteringsansvarlige ansøgere til bedømmelse efter indstilling fra ansættelsesudvalget. Alle ansøgere får herefter straks besked, om deres ansøgning er sendt til bedømmelse hos en uvildig bedømmer. Når bedømmelsesarbejdet er afsluttet, har hver ansøger mulighed for at kommentere den del af bedømmelsen, der vedrører ansøgeren selv.

Du kan læse mere om rekrutteringsprocessen på http://employment.ku.dk/faculty/recruitment-process/.

Ansøgeren vil blive vurderet i henhold til bekendtgørelse nr. 242 af 13. marts 2012 om ansættelse af videnskabeligt personale ved universiteter.

Københavns Universitet ønsker at afspejle samfundets mangfoldighed og opfordrer alle kvalificerede kandidater til at søge uanset personlig baggrund.