Postdoc in Computational Palaeoproteomics

Globe Institute, Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet

Københavns Universitet

Københavns Universitet søger en yderst motiveret og dynamisk postdoc til en tidsbegrænset fuldtidsstilling på 2,5 år (30 måneder), der starter den 1. november 2026 eller snarest derefter.

Palaeoproteomics-forskningsgruppen, ledet af professor Enrico Cappellini, søger en yderst kompetent, motiveret og dynamisk postdoc med dokumenteret erfaring inden for computational palaeoproteomics, massespektrometridataanalyse og udvikling af videnskabelig software. Stillingen vil bidrage til udviklingen af en højkapacitets computerinfrastruktur til palaeoproteomics og målrettet biologisk kønsidentifikation. Den skal understøtte reproducerbar behandling, kvalitetskontrol og fortolkning af massespektrometridata og forbinde kundevendt prøvehåndtering med sporbar analytisk arbejdsgang og forskningsresultater.

Information om instituttet kan findes på https://globe.ku.dk.

Forskning ved Københavns Universitet

Den molekylære identifikation af fossile taxa og rekonstruktionen af de fylogenetiske relationer, der forbinder dem, forbliver centrale udfordringer inden for evolutionær forskning. Palaeoproteomics-gruppen udvikler og anvender massespektrometribaserede metoder til at genfinde ældgamle proteinsekvenser ud over grænserne for bevaring af ældgammelt DNA. Arbejdet vil kombinere forskningssoftwareudvikling med computational analyse af DDA- og PRM-data fra ældgamle og stærkt nedbrudte proteinprøver.

Nært samarbejde med laboratorieforskere, arkæologer og eksterne partnere er centralt for stillingen. Kandidaten vil arbejde med at udvikle skalerbare palaeoproteomiske metoder og højkapacitetsmålrettet proteomik. Den succesfulde kandidat vil blive en del af et tværfagligt miljø, der spænder over palæoantropologi, evolutionsbiologi, arkæologi og massespektrometri. Miljøet giver adgang til Københavns Universitets Mjolnir high-performance computing-klynge, avanceret proteomikkompetence og aktive nationale og internationale samarbejder.

Din stilling

Postdoc'en skal udvikle, vedligeholde og implementere videnskabelig software og automatiserede arbejdsgange for palaeoproteomics. Ansvarsområderne omfatter integration af ordre- og prøvemetadata med analysestatus og resultater; automatisering af reproducerbar R-, Python- og Java-baseret behandling på lokal og HPC-infrastruktur; analyse af DDA-data ved brug af databasesøgning og de novo-tilgange; analyse af målrettede PRM-data; forbedring og validering af klassificeringsmetoder; dokumentation af software og arbejdsgange; bidrag til manuskripter og ansøgninger om tilskud eller translationelle aktiviteter; samt deltagelse i undervisning og vejledning.

Profil

Københavns Universitet søger en samarbejdsvillig og uafhængig forsker, der kombinerer stærk computational proteomikekspertise med praktiske softwareudviklingsfærdigheder. Kandidaten skal kunne omsætte forskningskrav til pålidelige arbejdsgange og kommunikere resultater på tværs af disciplinære grænser.

Væsentlig erfaring og færdigheder:

• En ph.d. inden for palaeoproteomics, proteomics, bioinformatik, computational biologi, arkæologisk videnskab eller et nært beslægtet felt.
• Erfaring med computational analyse og fortolkning af LC-MS/MS proteomikdata.
• Erfaring med både datadependent erhvervelse og målrettet PRM-analyse ved brug af MaxQuant, Skyline eller sammenlignelige værktøjer.
• Færdighed i R eller Python og Bash, herunder arbejdsgangsautomatisering i Linux- eller HPC-miljøer.
• Erfaring med at udvikle databaseunderstøttet videnskabelig software eller webapplikationer ved hjælp af Java/Spring, Vaadin og PostgreSQL, eller tilsvarende teknologier.
• Erfaring med relationelt databasedesign, prøve- og arbejdsgangssporbarhed samt struktureret resultatstyring.
• Erfaring med reproducerbare softwarepraksisser, herunder versionsstyring, test, containerisering og kontinuerlig integration/udrulning.
• Evne til at dokumentere og kommunikere computational metoder klart i publikationer, teknisk dokumentation og præsentationer.
• Evne til at arbejde effektivt med laboratorieforskere, arkæologer, bioinformatikere og eksterne samarbejdspartnere.
• Stærke organisatoriske færdigheder og evne til at levere selvstændigt arbejde til aftalte frister.
• Fremragende mundtlig og skriftlig engelsk.

Ønskelig erfaring og færdigheder:

• Erfaring med højkapacitetsmålrettet proteomik til biologisk kønsidentifikation fra tandemalje.
• Erfaring med at udvikle R Shiny-applikationer og konvertere interaktive analyser til ubemandede Rscript-arbejdsgange.
• Erfaring med de novo peptidsekventeringsværktøjer, såsom InstaNovo, og sammenligning med databasesøgningsresultater.
• Erfaring med at validere klassifikationer ved hjælp af uafhængig evidens, såsom aDNA-resultater og manuel spektralinspektion.
• Erfaring med at implementere sikre, rollebaserede produktionssystemer for interne eller eksterne brugere.
• Erfaring med undervisning eller vejledning inden for palaeoproteomics, proteomikdataanalyse eller forskningssoftware.
• Erfaring med at bidrage til succesfulde legatansøgninger, translationel forskning eller kommercialiseringsaktiviteter.

Arbejdssted

Arbejdsstedet er ved Globe Institute, Københavns Universitet, Øster Voldgade 5-7, 1350 København. Københavns Universitet tilbyder kreative og stimulerende arbejdsforhold i et dynamisk og internationalt forskningsmiljø. Stillingen giver adgang til computerinfrastruktur, herunder Mjolnir HPC-klyngen, en dedikeret Windows-server og tæt interaktion med instituttets palaeoproteomics-laboratorier og massespektrometriforskningsmiljø.

Om Globe Institute

Globe Institute er en del af Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet ved Københavns Universitet. Instituttets hovedformål er at tackle grundlæggende videnskabelige spørgsmål gennem tværfaglige tilgange. Instituttet opererer i skæringspunktet mellem natur- og lægevidenskab samt humaniora. Information om instituttet kan findes på: www.globe.ku.dk.

Globe Institute er forpligtet til at skabe et inkluderende og mangfoldigt miljø, hvor medarbejdere og studerende kan høre til og trives. Se hjemmesiden for mere information. Alle kvalificerede ansøgere vil blive fuldt ud overvejet. Kandidater, der gennem deres forskning, undervisning og/eller service bidrager til mangfoldigheden og kompetencerne på instituttet, opfordres til at søge. Københavns Universitet stræber efter at tilbyde et familievenligt og fleksibelt arbejdsmiljø med en bæredygtig balance mellem arbejds- og privatliv, herunder barselsordninger (op til 47 uger for begge forældre) og op til seks ugers betalt ferie om året. Forskere, der ikke har været skattepligtige i Danmark de seneste 10 år, kan ansøge om en særlig (reduceret) skatteordning. Universitetet tilbyder en række ydelser til internationale forskere og medfølgende familier.

Ansættelsesvilkår

Stillingen er omfattet af aftalen om stillingsstruktur for videnskabeligt personale. Ansættelses- og lønvilkår er i henhold til overenskomsten mellem Finansministeriet og Akademikerne om akademikere i staten. Der vil være mulighed for at forhandle tillæg baseret på kvalifikationer. Du kan læse mere om lønniveauer i staten på www.loenoverblik.dk.

Spørgsmål

For yderligere information bedes du kontakte Enrico Cappellini på ecappellini@sund.ku.dk. Udenlandske ansøgere kan finde dette link nyttigt: www.ism.ku.dk (International Staff Mobility).

Ansøgningsprocedure

Din onlineansøgning skal indsendes på engelsk ved at klikke på 'Ansøg nu' nedenfor. Din ansøgning skal desuden indeholde følgende dokumenter/vedhæftninger – alt i PDF-format:

1. Motiveret ansøgning (maks. én side).
2. CV inkl. uddannelse, arbejds-/forskningserfaring, sprogkundskaber og andre relevante færdigheder for stillingen.
3. En bekræftet/signeret kopi af a) ph.d.-bevis og b) kandidatbevis. Hvis ph.d.'en ikke er afsluttet, er en skriftlig udtalelse fra vejlederen tilstrækkelig.
4. Liste over publikationer.

Ansøgningsfrist: 13. september kl. 23.59 CET.

Københavns Universitet forbeholder sig retten til ikke at behandle materiale modtaget efter fristen og ikke at behandle ansøgninger, der ikke lever op til de ovennævnte krav.

Den videre proces

Efter ansøgningsfristens udløb udvælger den autoriserede rekrutteringschef ansøgere til vurdering efter råd fra ansættelsesudvalget. Alle ansøgere får herefter straks besked om, hvorvidt deres ansøgning er blevet videregivet til vurdering af en uvildig bedømmer. Når vurderingsarbejdet er afsluttet, har hver ansøger mulighed for at kommentere den del af vurderingen, der vedrører ansøgeren selv.

Du kan læse om rekrutteringsprocessen på http://employment.ku.dk/faculty/recruitment-process/

Ansøgeren vil blive vurderet i henhold til Bekendtgørelse nr. 242 af 13. marts 2012 om ansættelse af videnskabeligt personale ved universiteter.

Københavns Universitet ønsker at afspejle samfundets mangfoldighed og opfordrer alle kvalificerede kandidater til at søge uanset personlig baggrund.