Københavns Universitet søger en talentfuld og motiveret postdoktoral forsker med en passion for computationelt peptiddesign til at deltage i et tværfagligt projekt, der udvikler næstegenerations hjernemålrettede terapier mod iskæmisk slagtilfælde. Den succesfulde kandidat vil anvende de novo-design (inklusive internt udviklede metoder), molekylær modellering og omics-afledte data til at udvikle peptidtrafikker, der er i stand til at transportere terapeutisk gods over blod-hjerne-barrieren. Stillingen tilbyder en mulighed for at arbejde i grænsefladen mellem computationelt lægemiddeldesign, peptidkemi, lægemiddellevering og neurovidenskab.
Hovedvejleder
Lektor Albert J. Kooistra, Institut for Lægemiddeldesign og Farmakologi.
E-mail (foretrukken): albert.kooistra@sund.ku.dk, telefon: +45 35 32 83 05.
Projektleder
Lektor Mie Kristensen, Institut for Farmaci.
E-mail (foretrukken): mie.kristensen@sund.ku.dk, telefon: +45 35 33 60 63.
Start: 1. januar 2027.
Varighed: 2 år som postdoktoral forsker.
Københavns Universitets gruppe og forskning
Projektet ledes af Mie Kristensen, og den beregningsmæssige postdoktorale forsker vil blive integreret i Data Science for Drug Design (DSDD) forskningsgruppen, ledet af Albert J. Kooistra. DSDD-gruppen udvikler og anvender datadrevne teknologier til lægemiddelopdagelse og netværksmedicin med ekspertise inden for strukturel bioinformatik, kemoinformatik, computerstøttet lægemiddeldesign, udvikling af forskningssoftware og databaser samt maskinlæring.
Gruppens forskning kombinerer den systematiske kuratering af strukturelle, molekylære og cellulære data, herunder udviklingen af bredt anvendte ressourcer som KLIFS, med modellering af proteininteraktioner og signalnetværk. Disse indsigter anvendes sammen med videnbaserede og maskinlæringsmetoder til at designe molekyler, der modulerer cellulær signalering.
Projektbeskrivelse
Iskæmisk slagtilfælde er en førende årsag til dødsfald og langvarig invaliditet på verdensplan. Selvom nuværende kliniske interventioner kan genoprette blodtilførslen til hjernen, er effektive behandlinger, der beskytter hjerneceller mod slagtilfældefremkaldt skade, stadig utilgængelige. En stor hindring er blod-hjerne-barrieren, som opretholder hjernens fysiologiske miljø, men forhindrer de fleste terapeutiske forbindelser i at nå hjernen i klinisk relevante koncentrationer.
Projektet “Integration af omics og beregningsmæssigt design for næstegenerations hjernemålrettede slagtilfældeterapier”, finansieret af Danmarks Frie Forskningsfond, har til formål at overvinde denne udfordring ved at udvikle peptidbaserede transportmolekyler, der kan levere neurobeskyttende terapeutika over blod-hjerne-barrieren.
Ved at integrere store biologiske data med avanceret beregningsmæssig modellering og de novo-peptiddesign vil projektet:
- Identificere og designe nye blod-hjerne-barriere-specifikke peptid-shuttler.
- Optimere peptiderne for målbinding, transporteffektivitet, stabilitet og terapeutisk anvendelighed.
- Udvikle forbedrede strategier for peptidsyntese og funktionalisering.
- Evaluere de resulterende kandidater i cellebaserede blod-hjerne-barriere-modeller og prækliniske modeller for iskæmisk slagtilfælde.
Den postdoktorale forsker vil spille en central rolle i projektets beregningsmæssige designkomponent. Dette vil omfatte optimering, videreudvikling og anvendelse af arbejdsgange for peptidsekvensgenerering, strukturel modellering, egenskabsprognose og kandidatprioritering. Forskeren vil arbejde tæt sammen med eksperimentelle forskere, hvor beregningsmæssige forudsigelser guider peptidsyntese og biologisk evaluering, og eksperimentelle resultater bruges til at forbedre efterfølgende designs.
Projektet samler ekspertise inden for lægemiddellevering, peptidkemi, beregningsmæssigt lægemiddeldesign og neurovidenskab. Det ledes af lektor Mie Kristensen i samarbejde med lektor Albert Kooistra og Henrik Franzyk ved Institut for Lægemiddeldesign og Farmakologi, Københavns Universitet, og professor Anna-Sophia Wahl ved Ludwig-Maximilians-Universität München. Det langsigtede mål er at etablere nye strategier for levering af beskyttende terapeutika til hjernen, derved reducere slagtilfælderelateret hjerneskade og forbedre patientgenopretning. De tilgange og teknologier, der udvikles gennem projektet, kan også understøtte udviklingen af behandlinger for andre neurologiske sygdomme, hvor levering over blod-hjerne-barrieren forbliver en stor udfordring.
Profil
Københavns Universitet søger en beregningsdesigner, der nyder at arbejde i grænsefladen mellem deep learning, molekylær modellering, datavidenskab og eksperimentel lægemiddelopdagelse. Du skal være komfortabel med at håndtere biologiske data i stor skala, udvikle beregningsmæssige designarbejdsgange og anvende struktur- og sekvensbaserede metoder til at generere og prioritere nye peptider.
Du forventes at arbejde tæt sammen med eksperimentelle forskere og være motiveret af at skabe virkeligt overførbare beregningsmæssige designs, som derefter valideres eksperimentelt. Den ideelle kandidat kombinerer stærke beregningsmæssige færdigheder med en interesse for peptidterapi, strukturel bioinformatik og molekylær genkendelse og transport over blod-hjerne-barrieren.
Essentiel erfaring og færdigheder:
- En ph.d. i beregningskemi, beregningsbiologi, bioinformatik, biofysik, datavidenskab eller et beslægtet felt.
- Erfaring med beregningsmæssigt design eller modellering af peptider, proteiner eller andre biomolekyler.
- Erfaring med at udvikle reproducerbare beregningsmæssige arbejdsgange for biologisk eller molekylær dataanalyse.
- Evne til at analysere og integrere heterogene biologiske datasæt.
- Flydende programmeringsfærdigheder i Python, herunder erfaring med kodeversionsstyring ved hjælp af Git og GitHub.
- Stærke videnskabelige kommunikations- og samarbejdsevner med fremragende skriftlig og mundtlig engelsk.
Ønskelig erfaring og færdigheder:
- Erfaring med de novo peptid- eller proteindesign.
- Erfaring med sekvens- og strukturbaseret molekylær modellering, herunder strukturforudsigelse, docking eller molekylær dynamik.
- Erfaring med maskinlæring, generativ modellering eller optimering for molekylært design.
- Kendskab til peptidkemi og egenskaber relevante for stabilitet, funktionalisering og terapeutisk udvikling.
- Erfaring med at integrere omics eller eksperimentelle data i beregningsmæssige designarbejdsgange.
- Kendskab til blod-hjerne-barriere biologi eller hjernemålrettet lægemiddellevering.
- Erfaring med at samarbejde med eksperimentelle forskere i tværfaglige teams.
Personen vil skulle flytte til København, og nøgleansvaret vil omfatte: etablering af forskningsidéer sammen med hovedvejlederen, daglig ledelse af deres forskningsprojekt, præsentation af forskning på interne møder og internationale konferencer, aktiv deltagelse i manuskriptskrivning og omsætning af ny viden inden for emneområdet til forskningsaktiviteter. Der vil være mulighed for at vejlede mere junior gruppenmedlemmer og bidrage til undervisnings- og formidlingsaktiviteter.
Arbejdssted
Arbejdsstedet er ved Institut for Farmaci, Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet, men man vil arbejde i DSDD-gruppen i Center for Farmaceutisk Datavidenskab (CPDSE) (CPDSE). Københavns Universitet tilbyder kreative og stimulerende arbejdsforhold i et dynamisk og internationalt forskningsmiljø.
Københavns Universitets forskningsfaciliteter omfatter et konkurrencedygtigt beregningsmæssigt kerneanlæg og et moderne miljø. Desuden er DSDD-gruppen en del af klyngen for Integreret Strukturel Biologi (ISBUC) og den farmaceutiske informatikforskningssektion (link).
Ansættelsesvilkår
Den gennemsnitlige ugentlige arbejdstid er 37 timer om ugen.
Stillingen er en tidsbegrænset stilling for en periode på 2 år. Startdatoen er den 1. januar 2027.
Løn, pension og andre ansættelsesvilkår fastsættes i overensstemmelse med overenskomsten mellem Skatteministeriet og AC (Akademikerne) eller anden relevant organisation. Aktuelt starter månedslønnen på 40.000 DKK/ca. 5.350 EUR (august 2026-niveau). Afhængigt af kvalifikationer kan et tillæg forhandles. Arbejdsgiveren vil betale yderligere 17,1 % til din pensionskasse.
Udenlandske og danske ansøgere kan være berettiget til skattefordele, hvis de har en ph.d.-grad og ikke har boet i Danmark de seneste 10 år.
Stillingen er omfattet af stillingsstrukturen for videnskabeligt personale ved universiteter 2020.
Spørgsmål
For yderligere information kan ansøgere kontakte hovedvejleder, lektor Albert J. Kooistra, e-mail: albert.kooistra@sund.ku.dk, telefon: +45 35 32 83 05.
For mere information om arbejde og liv i Danmark, besøg http://ism.ku.dk (International staff mobility) og https://www.workindenmark.dk.
Københavns Universitet ønsker at afspejle samfundets mangfoldighed og opfordrer alle kvalificerede kandidater til at søge uanset personlig baggrund.
Ansøgningsprocedure
Din online ansøgning skal indsendes på engelsk ved at klikke på 'Ansøg nu' nedenfor. Desuden skal din ansøgning inkludere følgende dokumenter/vedhæftninger – alt i PDF-format:
- Motiveret ansøgning (maks. én side). Din motiverede ansøgning er en essentiel del af din ansøgning. Den skal tydeligt forklare, hvorfor du søger denne specifikke stilling, og hvorfor dette projekt passer til dig. Fremhæv hvordan din baggrund, dine færdigheder og interesser stemmer overens med forskningsmålene.
Kun ansøgninger med en klar, specifik og velbegrundet motivation vil blive overvejet. - CV inkl. uddannelse, arbejds-/forskningserfaring, sprogfærdigheder og andre færdigheder relevante for stillingen.
- En certificeret/underskrevet kopi af a) ph.d.-bevis og b) kandidatbevis. Hvis ph.d.'en ikke er afsluttet, er en skriftlig erklæring fra vejlederen tilstrækkelig.
- Liste over publikationer.
- Referencer og anbefalinger.
- Link til din GitHub-konto.
Ansøgningsfrist: 20. september, kl. 23.59 CET
Københavns Universitet forbeholder sig ret til ikke at behandle materiale modtaget efter fristen og ikke at behandle ansøgninger, der ikke opfylder de ovennævnte krav.
Den videre proces
Efter ansøgningsfristens udløb udvælger den autoriserede rekrutteringschef ansøgere til vurdering efter indstilling fra ansættelsesudvalget. Alle ansøgere får herefter straks besked om, hvorvidt deres ansøgning er videresendt til vurdering af en uvildig bedømmer. Når vurderingsarbejdet er afsluttet, har hver ansøger mulighed for at kommentere den del af vurderingen, der vedrører ansøgeren selv.
Du kan læse om rekrutteringsprocessen på http://employment.ku.dk/faculty/recruitment-process/.
Ansøgeren vil blive vurderet i henhold til ministeriel bekendtgørelse nr. 242 af 13. marts 2012 om ansættelse af videnskabeligt personale ved universiteter.
Interviews forventes afholdt i anden halvdel af oktober.
Københavns Universitet ønsker at afspejle samfundets mangfoldighed og opfordrer alle kvalificerede kandidater til at søge uanset personlig baggrund.
