Københavns Universitet, BRIC søger en erfaren, yderst motiveret og selvstændig Computational and Data Scientist til at støtte Novo Nordisk Foundation Center for Protein Design (CPD) ved Københavns Universitet (UCPH).
Stillingen er velegnet til en person med erfaring inden for beregningskemi, biologi og/eller strukturbiologi samt håndtering af store datamængder. Dette er en fuldtidsstilling med start den 1. februar 2027 og ansættelse frem til den 31. juli 2032.
Københavns Universitet, BRIC's forskning
CPD er et nyt initiativ ved UCPH. Centret er et tværfagligt center, der arbejder på tværs af universitetet – især med Institut for Biologi, Institut for Lægemiddeldesign og Farmakologi, Kemisk Institut og Datalogisk Institut – og med nationale og internationale akademiske og industrielle partnere. CPD er finansieret af en indledende bevilling på 700 mio. DKK over syv år fra Novo Nordisk Fonden.
Når centret er fuldt udbygget, forventes CPD at have cirka otte forskningsgrupper, cirka 80 forskere og støttepersonale. Forskningen vil omfatte det voksende landskab inden for proteindesign med beregningsmæssige, eksperimentelle, anvendte og hybride projekter.
CPD's vision og mission er at accelerere proteindesign ved at uddybe forståelsen af sekvens-til-struktur/funktionsrelationer i proteiner og at uddanne den næste generation af proteinforskere til at anvende proteindesign-tilgange og -metoder på en bred vifte af grundlæggende og virkelige udfordringer.
CPD's forskning er bredt organiseret i tre temaer: Programmerbart De Novo Proteindesign, der sigter mod at forbedre metoder til proteindesign ved at kombinere rationelle, fysikbaserede og AI-baserede tilgange; Kontekstualiseret Proteindesign, det vil sige design af proteiner, der er egnet til formålet, såsom at fungere direkte og optimalt i celler, kemiske reaktorer osv.; og Biodesign for Bæredygtighed og Sundhedspleje, for eksempel arbejde med bioteknologi og industri for at levere syntetiske proteiner til at løse store udfordringer inden for disse områder.
Datavidenskab hos CPD: I stigende grad handler moderne proteinvidenskab om data: at indsamle dem, organisere dem, analysere dem og lære af dem for at opbygge en dybere forståelse af, hvordan proteiner folder sig og fungerer.
Proteindesign er ingen undtagelse. Faktisk er det, gennem anvendelse af generativ AI, helt i fronten af sammensmeltningen af datavidenskab og proteinvidenskab. For at koordinere dette i CPD søger Københavns Universitet, BRIC en person med erfaring og begejstring for at arbejde i dette skæringspunkt.
Yderligere information om CPD kan findes på: cpd.ku.dk. Læs mere om Institut for Lægemiddeldesign og Farmakologi på https://drug.ku.dk/
Din stilling
Specifikt søger Københavns Universitet, BRIC en talentfuld computational og datavidenskabsmand og teamplayer til at hjælpe med at udvikle forskningsinfrastruktur, herunder hardware og beregningsværktøjer, for at fremme CPD's forskning og mission.
Den succesfulde kandidat vil tilslutte sig et voksende tværfagligt team for at hjælpe med at indsamle, organisere, analysere og udnytte data fra beregningsmæssigt designede proteinsekvenser og strukturelle modeller, gennem proteinekspressionsniveauer og videre til en bred vifte af eksperimentelle struktur-funktionsstudier. En central del af rollen vil være at integrere sig i det bredere team og arbejde kollaborativt med CPD-forskere, snarere end blot at levere en datastyringsservice. Københavns Universitet, BRIC forventer for eksempel, at den succesfulde kandidat vil assistere med og lede forskellige projekter med CPD-forskere for at udvikle robuste, pålidelige og skalerbare data- og beregningsværktøjer for at muliggøre det allerbedste proteindesign.
Hovedansvarsområder vil omfatte
- Hjælpe med at etablere CPD's beregningsinfrastruktur for at levere computing og datastyring til forskerne
- Udvikle automatiserede pipelines, der konverterer rå instrumentoutputfiler direkte til datadiagrammer egnet til analyse, hvilket sparer tid og ressourcer på tværs af forskningspipelinen
- Indsamle data og generere databaser over designede proteiner, f.eks. konstruktioner, sekvenser, modeller og biofysiske data (LIMS)
- Assistere i udviklingen af nye forudsigelsesmodeller baseret på de indsamlede eksperimentelle og beregningsmæssige data ved hjælp af maskinlæringsmetoder
- Være ansvarlig for datastyringsplaner hos CPD og koordinere disse planer med værtsafdelingerne
- Relateret til ovenstående, styring (dvs. bedste praksis for indsamling, organisering, adgang) af data genereret af beregningsmæssige proteindesign-workflows og af CPD’s Protein Biofysik Facilitet
- Rådgive og træne CPD-forskere i at oprette og analysere store beregningsmæssige datasæt, koble deres eksperimentelle data og beregningsmæssige data for at udtrække nøgleinformation og styre deres beregningsmæssige proteindesign-pipelines
- Bidrage til og, hvor det er relevant, lede ansøgninger om bevillinger og publikationer fra CPD-forskningsprojekter
- Undervisning i relevante aspekter af ovenstående på CPD's Master- og Ph.d.-kurser
- Fungerer som den primære tekniske bro mellem CPD og central KU IT for at opsætte CPD’s computersystemer i tæt samarbejde med KU IT og etablere interne databehandlingsmiljøer
Kvalifikationer og forventninger
For at få succes i denne rolle forventer Københavns Universitet, BRIC, at dine ekspertiseområder kan omfatte et eller flere af følgende:
- Beregning af proteinmodellering og, ideelt set, design
- Protein- eller biomolekylære sekvensdata og analyse
- Indsamling, manipulation og brug af data fra proteinbiofysik og strukturbiologi
- Brug og forståelse af moderne biomolekylær statistisk dataanalyse, herunder ML- og AI-metoder, samt generativ AI til proteinmodellering og design
- Erfaring med etablering af beregningsinfrastrukturer til ovenstående
Væsentlig erfaring og færdigheder
- En Ph.d. i bioinformatik, datavidenskab eller et beslægtet domæne, f.eks. beregnings/strukturbiologi
- Fremragende kendskab til videnskabelig computing og kodesprog, f.eks. Python
- Dokumenteret erfaring (f.eks. videnskabelige publikationer) inden for maskinlæring, videnskabelig computing og lignende
- En aktiv interesse i proteindesign, -teknik og -struktur
- En dokumenteret evne til at arbejde sammen med andre om udfordrende tværfaglige problemer
- En teamplayer, der er ivrig efter at samarbejde med forskere fra forskellige baggrunde, og som er serviceminded med klare organisatoriske, kommunikations- og netværksfærdigheder.
- Fremragende færdigheder i skriftlig og mundtlig engelsk
Ønskelig erfaring og færdigheder
- Kendskab til eksperimentel proteinvidenskab, for eksempel biofysiske metoder og/eller strukturbiologi
- Erfaring inden for beregningsmæssig molekylær/strukturel biologi
Arbejdssted
Arbejdsstedet er NNF Center for Protein Design, beliggende på Institut for Lægemiddeldesign og Farmakologi, Københavns Universitet. Københavns Universitet, BRIC tilbyder kreative, stimulerende arbejdsforhold i et dynamisk, internationalt forskningsmiljø.
Løn og ansættelsesvilkår
Ansættelsen er en fuldtidsstilling (37 timer/uge) med en fast ansættelsesperiode frem til den 31. juli 2032. Startdatoen vil være den 1. februar 2027.
Afhængig af kvalifikationer vil stillingen blive besat som Specialkonsulent eller Seniorkonsulent i henhold til cirkulæret om overenskomst for akademikere i staten indgået mellem Finansministeriet og Akademikerne. Der vil være mulighed for at forhandle tillæg baseret på kvalifikationer. Månedslønnen vil blive baseret på antal års erhvervserfaring (anciennitet), med mulighed for at forhandle et løntillæg baseret på tidligere erfaring og kvalifikationer. Arbejdsgiveren vil betale yderligere 18,07 % til din pensionskasse. Du kan læse mere om lønniveauer i staten på www.loenoverblik.dk
Spørgsmål
For yderligere information vedrørende stillingen bedes du kontakte Centerleder Gretchen Repasky, Gretchen.repasky@bio.ku.dk.
Ansøgning
Din ansøgning skal være på engelsk og inkludere:
- Et følgebrev, der beskriver din egnethed til rollen og motivation for at søge (maks. én side).
- Curriculum Vitae (inkl. navne på to referencer) (maks. to sider)
- Liste over publikationer inklusive preprints (ingen grænse, men inkluder ikke kopier af artiklerne)
- En certificeret/underskrevet kopi af eksamensbevis(er)
Ansøgningsfrist: 16. november 2026
Københavns Universitet, BRIC forbeholder sig ret til ikke at behandle materiale modtaget efter fristen og ikke at behandle ansøgninger, der ikke opfylder ovenstående krav. Universitetet ønsker at afspejle mangfoldigheden i det omgivende samfund og opfordrer alle kvalificerede kandidater, uanset personlig baggrund, til at søge.
