Bioinformatician for the Single-Cell Omics Platform

Københavns Universitet - CBMR søger en bioinformatiker til at styrke Københavns Universitet - CBMR's evner til at drage robuste biologiske slutninger fra storskala data genereret på Single-Cell Omics Platformen. Rollen er en spændende mulighed for ambitiøse kandidater med en bioinformatikbaggrund til at arbejde inden for genomik-service.

Den succesfulde kandidat vil arbejde på Single-Cell Omics Platformen, der forsyner Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research (CBMR) og forskere ved universitetet med avancerede single-cell transcriptomics og epigenetik teknikker samt spatial transcriptomics. Dette gøres ved hjælp af state-of-the-art udstyr, datavidenskab og maskinlæringstilgange.

Om Københavns Universitet - CBMR

Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research (CBMR) er et akademisk forskningscenter, der er banebrydende inden for forskning mod bedre kardiometabolisk sundhed. Gennem kollaborativ, tværfaglig forskning sigter CBMR mod at transformere den grundlæggende forståelse af kardiometabolisk sundhed og accelerere dens omsætning til forebyggelses- og behandlingsstrategier. Centerets unikt multi- og tværfaglige tilgang kombinerer forskning inden for genetik, fysiologi og farmakologi for bedre at forstå det komplekse samspil mellem de mange faktorer, der driver kardiometabolisk sygdom. Du kan lære mere i Executive Summary of CBMR's Strategy 2024–2028.

CBMR blev etableret i 2010 ved Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet og har været placeret i Mærsk Tårnet i Panum-bygningen siden 2017. De omkring 260 medarbejdere skaber et internationalt, yderst samarbejdsorienteret forskningsmiljø på tværs af discipliner.

Om platformen

Single-Cell Omics Platformen er en integreret del af Centeret og er tæt integreret i det danske single-cell samfund. Teamet har solid ekspertise i at arbejde med single-cell data og består i øjeblikket af laboratorieteknikere, bioinformatikere, matematikere og en platformschef.

Du vil arbejde direkte med mange forskningsgrupper på daglig basis og bidrage til deres forskning, som ofte publiceres i videnskabelige tidsskrifter med høj impact. Se de seneste publikationer og lær mere om platformen her.

Rollen

Som bioinformatiker på Single-Cell Omics Platformen vil du være ansvarlig for at behandle, analysere og fortolke både single-cell og bulk-sekventeringsdata samt udvikle og implementere nye analyseworkflows.

Primære opgaver

• At udvikle og vedligeholde computational workflows til at behandle og analysere single-cell sekventeringsdata.
• At anvende computational tools på primære sekventeringsdata fra forskningsgrupper på tværs af Centeret og universitetet.
• At understøtte eksperimentelt design og analysestrategi for single-cell assays og metodeudvikling.

Din profil Nødvendig uddannelse/færdigheder:

• En videnskabelig grad inden for datavidenskab, anvendt matematik, anvendt statistik, bioinformatik, datalogi, systembiologi, bioteknologi eller lignende.
• Solide programmeringsfærdigheder i scripting-sprogene Python eller R.
• Erfaring med at udvikle bioinformatik-pipelines i pipeline-styringsværktøjer som Snakemake eller Nextflow.
• Solid erfaring med behandling, analyse og fortolkning af single-cell transcriptomics assays ved hjælp af værktøjer som Seurat, Scanpy, Cell Ranger og Salmon Alevin.
• Erfaring med brug af Unix/Linux operativsystemet.

Personlige færdigheder:

• Motiveret og hårdtarbejdende personlighed med gode sociale færdigheder.
• Motiveret til at instruere forskere med mindre avancerede programmeringsfærdigheder i brugen af platformens computational workflows.
• Fremragende skriftlige og mundtlige engelske kommunikationsevner.
• Evne til at formidle resultater og ekspertviden til brugere på seminarer.

Ønskværdige kriterier:

• Erfaring med at analysere single-cell epigenetikdata.
• Erfaring med at analysere spatial transcriptomics data.
• Erfaring med datavisualisering.
• Erfaring med maskinlæringsteknikker.
• Erfaring med cloud computing.

Københavns Universitet - CBMR tilbyder

• Kreative og stimulerende arbejdsforhold i et dynamisk og internationalt forskningsmiljø.
• Yderst motiverede kolleger og mulighed for at bidrage til og medforfatte banebrydende videnskabelige publikationer.
• Attraktive ansættelsesvilkår.
• En centralt placeret arbejdsplads.

Ansættelsessted

Ansættelsesstedet er Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research, Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet.

Løn- og ansættelsesvilkår

Ansættelsen som bioinformatiker er en fuldtidsstilling for 1 år med start 1. september 2026 eller snarest muligt derefter.

Ansættelse vil ske som Academic Research Officer eller Research Consultant i henhold til bestemmelserne i overenskomsten mellem Finansministeriet og AC (Akademikerne), med mulighed for at forhandle et løntillæg baseret på tidligere erfaringer og kvalifikationer.

Spørgsmål

For yderligere spørgsmål om jobbeskrivelse og kvalifikationer bedes du kontakte platformschef Mie Mechta på mie.mechta@sund.ku.dk. For spørgsmål vedrørende rekrutteringsproceduren bedes du kontakte SUND HR CBMR på SUND-HR-CBMR@sund.ku.dk.

Ansøgningsprocedure

Din ansøgning, på engelsk, skal indeholde:

• Et motivationsbrev
• Curriculum Vitae
• Kopier af relevante uddannelsesbeviser

Indsend venligst din ansøgning ved at klikke på “Ansøg stilling” nedenfor. Kun online ansøgninger accepteres.

Ansøgningsfrist: 19. juli 2026 kl. 23:59 CET.

Københavns Universitet - CBMR forbeholder sig retten til ikke at overveje materiale modtaget efter fristen, og ikke at overveje ansøgninger, der ikke opfylder ovennævnte krav.

Københavns Universitet ønsker at afspejle samfundets mangfoldighed og byder ansøgninger fra alle kvalificerede kandidater velkommen uanset personlig baggrund.